De soort wordt niet meer dan ongeveer 2 meter lang en is aanzienlijk kleiner dan de stompneus met zes kieuwen (Hexanchus griseus) en grootoogtonijn met zes kieuwen (Hexanchus nakamurai), die wel 4.5 meter lang kan worden.
De meeste haaiensoorten hebben vijf kieuwen, maar naast het extra orgaan hebben zes kieuwen ook zaagachtige ondertanden.
Lees ook: Vier duikers genieten van een zeldzame ontmoeting met zeskieuwhaaien
Eerdere verwarring en verkeerde identificatie van zeskieuwshaaien, met name de grootoogtonijn, is weggenomen door de studie van 1310 basenparen van twee mitochondriale genen, zeggen de auteurs van een studie gepubliceerd in Marine Biodiversity.
De wetenschappers van het Florida Institute of Technology, MarAlliance (Belize), het Florida State University Coastal & Marine Laboratory en de Amerikaanse National Marine Fisheries Service, zeggen dat hoewel de Atlantische zeskieuwen lijken op die gevonden in de Stille Oceaan (rond Japan) en de Indiase Oceaan (Réunion en Madagaskar), zijn ze genetisch net zo verschillend als de stompe zeskieuw van de grootoogtonijn.